Pada awal tahun dua puluhan, Bandar Tangkak adalah sebuah pekan kecil
yang dikelilingi perkampungan
yang subur dengan sawah padi dan tanaman kontan. Kesedaran masyarakat
yang amat memerlukan ilmu lebih-lebih lagi pengajian
Al-Quran dan Pendidikan
Agama, maka pada bulan
April tahun 1927 kerajaan telah bersetuju mewujudkan sekolah Al-Quran dan menumpang di bangunan Sekolah Melayu Jalan Paya Mas yang kini dikenali Sekolah Kebangsaan Sri Tangkak, Ledang, Johor. Permintaan tersebut telah dipersetujui oleh kerajaan.
Bangunan sekolah tersebut berbentuk separuh batu dan selebihnya daripada kayu dan beratap genting separuh bulat dengan jumlah murid ketika itu seramai 27 orang dan guru pertama bertugas di Sekolah Agama Bandar Tangkak ialah Al-Marhum Tuan Haji Mohd Amin bin Haji Osman. Jawatan terakhir beliau ialah Pemeriksa Sekolah-Sekolah Agama Johor Selatan. Pada tahun
1941, sekolah ini ditutup sementara kerana bangunan dijadikan markas penempatan tentara Jepun dan telah dibuka semula pada tahun
1943. Guru Besar
yang bertugas ketika itu ialah Al-Marhum Tuan Haji Abdul Karim bin Haji Ahmad.
Oleh kerana jumlah murid terus meningkat pada tahun 1948, Sekolah Agama Perempuan diwujudkan dengan mengambil murid perempuan yang ada di sekolah ini. Guru Besar pada masa itu ialah Puan Hajah Khadijah binti Sulaiman. Pelajar-pelajarnya menumpang di Sekolah Kebangsaan Jalan Hassan, Tangkak, pada Januari tahun 1988 Sekolah Agama Perempuan berpindah ke bangunan Sekolah Arab Jalan Sialang, Tangkak.
Menyedari betapa pentingnya Pendidikan Agama dalam urusan perkembangan dan kemajuan masyarakat dan
Negara, maka pada Januari tahun
1971, sekolah
agama sesi pagi diwujudkan bagi menampung anak-anak
yang belajar akademik di sebelah petang. Sekolah ini menumpang di bangunan Sekolah
Arab Tangkak dan
Guru Besarnya ialah
Tuan Haji
Adam bin Limat.
Dalam tahun 1980, sebuah jawatankuasa telah dibentuk bagi mengusahakan tapak bangunan Sekolah Agama Bandar Tangkak serta bertindak berusaha membangunkannya. Jawatankuasa itu dinamakan Jawatankuasa Pembangunan Sekolah
Agama Bandar Tangkak telah dimulakan pada bulan
April tahun
1993 dan berjaya disiapkan pada bulan Mei
tahun
1994. Pada hari Rabu 6 Julai
1994 bersamaan 26 Muharam
1415 Hijrah, penyerahan anak bangunan Sekolah
Agama Bandar Tangkak telah disempurnakan oleh
Yang Berhormat Dato’
Wahid bin Dahlan,
Tuan Pengarah Jabatan
Agama Johor.
Seterusnya pada hari Jumaat, 15 Julai 1994 bersamaan 6 Safar 1415H, satu majlis kesyukuran dan doa selamat serta tahlil diketuai oleh Tuan Kadi Tangkak telah dapat diadakan di bangunan baru Sekolah Agama Bandar Tangkak bagi memohon restu semoga sekolah dan semua murid-murid akan terus meningkat dari masa ke semasa.
Pada hari Isnin, 18b Julai 1994 bangunan sekolah mula digunakan sepenuhnya bagi penempatan sekolah-sekolah terlibat di antaranya ialah:-
i. Sekolah
Agama Lelaki
Bandar Tangkak
ii. Sekolah
Agama Perempuan
Bandar Tangkak
iii. Sekolah
Agama Bandar Tangkak (sesi pagi)
iv. Kelas Fardhu Ain
(KAFA) Sekolah
Agama Bandar Tangkak
v. Darjah Khas Sekolah
Agama Bandar Tangkak
Tahun silih berganti, bilangan murid sekolah ini semakin bertambah dari semasa ke semasa sehinggalah sekarang menjangkau jumlah seramai 1300 orang ke atas. Begitu juga dengan pembangunan fizikal sekolah yang bertambah ceria dan menarik.